Cuando, en 1954, el japonés Toru Kumon ayudaba a su hijo con las matemáticas del colegio comenzó a desarrollar un particular método de enseñanza para niños, que enfatizaba el conocimiento autodidacta. En 1954, Kumon empezó a enseñar a su propio hijo quien estaba fallando en matemáticas en la escuela primaria, y con esta experiencia desarrolló el método que lleva su nombre.
El método se basa en la repetición de ejercicios básicos de matemáticas tales como la suma, la sustracción, la multiplicación y la división hasta que se adquiere destreza. Kumon definió destreza como la capacidad de obtener una alta puntuación en una materia en un tiempo determinado, la cual le brinda al estudiante beneficios en la presentación de exámenes estandarizados y cronometrados en el colegio.
Como resultado del método, el hijo mayor de Toru Komun fue capaz de hacer cálculo en el sexto grado y su hijo menor en el cuarto grado. Debido a esto otros padres se interesaron en las ideas de Toru Kumon, y en 1956, abrió su primer centro en Osaka, Japón. En 1958, Toru Kumon fundó el Instituto Kumon para la Educación, el cual estableció los estándares para otros centros Kumon que se empezaron a abrir en el resto del mundo. En sudamérica se empezó en 1987 en Brasil y posteriormente en el resto de países latinoamericanos. Llegó a Europa a España donde comenzó en 1991.
El instituto continúa actualmente con su enfoque en el estudio individual para ayudar al estudiante a desarrollar todo su potencial. Toru Kumon creía que un niño era capaz de aprender cualquier cosa si se le daba el material y el apoyo adecuado. Desde 1956 más de 19 millones de estudiantes se han beneficiado del método Kumon.Las escuelas Kumon no han parado de proliferar desde entonces en Japón.
Una de las últimas la ha diseñado Takashi Yonezawa en Kyoto, con una prominente cubierta de acero galvanizado a dos aguas que busca estimular la fantasía infantil evocando una tienda de campaña o un cohete espacial. En el interior, los dos niveles, con acceso independiente, quedan conectados visualmente por un enorme panel de vidrio a modo de mesa de trabajo.